平氏を壇ノ浦で滅ぼした源頼朝は、1185年、弟・義経の追討を名目に、朝廷から守護・地頭を任命する権利を認めさせました。全国の軍事・警察権と土地の管理権を握ったこの瞬間こそ、武士による全国政権——鎌倉幕府の実質的なスタートとされています。

1192年、頼朝は朝廷から征夷大将軍に任じられました。鎌倉を拠点に侍所・政所・問注所を整え、御家人を統率する独自の政治機構をつくり上げます。京都の朝廷と並び立つ「武家の府」がここに誕生しました。

1199年に頼朝が急死すると、二代将軍・頼家のもとで有力御家人13人による合議制が敷かれました。将軍の独裁を抑えるこの体制は、やがて御家人どうしの激しい権力闘争の舞台となっていきます。

初代執権・北条時政の跡を継いだ義時は、将軍を補佐する「執権」の地位を確立しました。三代将軍・実朝が暗殺されて源氏の将軍が絶えると、頼朝の妻・北条政子が「尼将軍」として御家人をまとめ、北条氏が幕府の実権を握っていきます。

1221年、後鳥羽上皇が北条義時追討の院宣を発し、討幕の兵を挙げました。しかし政子の演説で結束した幕府軍が圧勝。上皇は隠岐へ流され、朝廷を監視する六波羅探題が京都に置かれます。武家が朝廷を上回る力を持つことを天下に示した、大きな転換点でした。

承久の乱のあと執権となった北条泰時は、執権を補佐する連署を置き、有力御家人による評定衆の合議で政治を進めました。独裁ではなく合議による公平な統治をめざした泰時は、のちに「名執権」と讃えられます。

1232年、泰時は武家社会の慣習（道理）と頼朝以来の先例をもとに、51か条からなる御成敗式目を定めました。律令とは別に、武士が自分たちの裁判の基準を初めて成文化したもので、後の武家法の手本となります。

五代執権・北条時頼は、1247年の宝治合戦で最後の有力御家人だった三浦氏を滅ぼしました。これにより北条氏の嫡流（得宗）への権力集中が一気に進みます。時頼は訴訟を専門に扱う引付を設け、裁判の迅速化も図りました。

8代執権・北条時宗が18歳で就任したころ、ユーラシアを席巻したモンゴル帝国（元）が日本に服属を迫ってきました。時宗はこれを拒否し、御家人を九州北部に動員して、来るべき侵攻に備えます。

1274年、元と高麗の連合軍が対馬・壱岐を経て博多湾に襲来しました。「てつはう」と呼ばれる火器や集団戦法に日本軍は苦戦しましたが、元軍は一夜のうちに撤退。一騎打ちを基本とする日本の戦い方を、大きく見直すきっかけとなりました。

1281年、元は14万ともいわれる大軍で再び来襲しました。しかし博多湾岸に築かれた石塁（防塁）に阻まれて上陸できず、暴風雨で艦隊は壊滅します。日本は二度の侵攻を退けましたが、防衛戦のため恩賞となる新しい土地は得られず、御家人の不満が募っていきました。

元寇のあと、幕府の実権は執権の地位を超えて、北条氏嫡流の当主＝得宗と、その家臣（御内人）に集中していきます。1285年の霜月騒動では、御内人の平頼綱が有力御家人・安達泰盛を滅ぼし、得宗専制が決定的となりました。

元寇後、恩賞を得られず、所領を質に入れて困窮する御家人が増えました。幕府は1297年、永仁の徳政令で売却した土地をただで取り戻させようとしますが、かえって御家人は金を借りられなくなり混乱を招きます。幕府への信頼は大きく揺らぎました。

1318年に即位した後醍醐天皇は、摂関も院政も置かない天皇親政をめざし、幕府の打倒を企てました。1324年の正中の変は事前に発覚して失敗しますが、天皇の討幕の意志は揺るぎませんでした。

1331年、後醍醐天皇は再び挙兵しますが、笠置山で捕らえられ隠岐へ流されました（元弘の乱）。しかし天皇に呼応した楠木正成らが各地で抵抗を続け、倒幕の火は消えませんでした。

1333年、幕府が討伐に送った足利尊氏が寝返って六波羅探題を攻め落とし、新田義貞は鎌倉を攻めて北条氏を滅ぼしました。約150年続いた鎌倉幕府はここに滅亡し、歴史は後醍醐天皇の建武の新政へと移っていきます。