後白河法皇の皇子・以仁王が源頼政の勧めで令旨を発布。全国の源氏に平氏討伐を呼びかけ、治承・寿永の乱の引き金となった。

平氏軍に追い詰められた以仁王と頼政が宇治で交戦し惨敗。頼政は自刃、以仁王も落命。しかし令旨はすでに各地の源氏に届いていた。

伊豆に配流されていた頼朝が北条時政らと挙兵。最初は小勢力だったが関東武士が次々と合流し急速に勢力を拡大した。

大庭景親率いる平氏軍に完敗し、頼朝は山中に逃げ込む。しかし海路で安房へ脱出し、関東で再起を図った。

信濃に育った源義仲（木曽義仲）が頼朝に呼応して挙兵。北陸道を制圧しながら着実に京へ向かう。

奈良の寺院勢力が反平氏の動きを見せたため、平重衡が焼き討ちを断行。東大寺大仏殿も炎上し、平氏への世論が決定的に悪化した。

2年続きの大飢饉と疫病が畿内を中心に猛威を振るい、数十万人が死亡したとされる。平氏の兵糧補給にも深刻な打撃を与えた。

義仲の進軍を前に平氏は京を放棄。幼い安徳天皇と三種の神器（剣・鏡・勾玉）を携えて西国へ落ち延びた。三種の神器が平氏の手にある限り、朝廷は平氏を完全には見捨てられなかった。

義仲軍が京に入城するが、飢饉中の京で乱暴狼藉を働き朝廷・貴族の信頼を急速に失った。やがて頼朝の命で義経に討伐される。

頼朝の命を受けた義経・範頼が義仲を討伐。近江・粟津で孤立した義仲は討ち死にした。「木曽の最期」として平家物語に名高い。

義経追討を名目に朝廷から全国への守護・地頭設置権を認めさせた。これが鎌倉幕府の実質的な始まりとされる。

義経が朝廷から官位を受けたことを頼朝が激怒。義経は京を追われ、奥州の藤原秀衡を頼って逃亡した。この対立が義経の悲劇的な最期へとつながる。