返信が遅くなり申し訳ありません！
そして、質問内容についてもすみませんが私の素人知識では明確なご回答はできません・・・。
しかし、あの有名な法然は１１４５年に比叡山に登り、師の下で学問に励んだとされていますので、堂衆が延暦寺の全てを支配していたとは言い難いのかな？とは思いました。（じゃあ、堂衆と寺側がどんな関係だったんだ？と言われるとわかりませんが・・・）
全然回答になってませんが、これぐらいしかお話ができません（汗

平家物語の二巻には「山門滅亡」と言う段があります。ここで僧兵である堂衆の横暴を寺側が制御しきれず、朝廷に堂衆の討伐？を依頼した結果、平清盛は後白河法皇の院宣により湯浅宗重に堂衆の討伐を命じ、結果は堂衆の勝利となった。その後山門に天台宗の灯りもなく、人の姿もまばらで荒れ果てた。と言う記述があります。
然しながら比叡山延暦寺は勢力を保ち続け、強訴を繰り返したりして滅亡とは言い難い史実もあります。平家物語は、口伝とは云え当時の状況など史実を知るには貴重な資料と思います。この事件（1118年とされる）以降の山門が如何なる状態で堂衆と寺側（学生、僧侶、大衆）が存在したかを知りたいと思います。

これ等の事情に詳しい、文献など参考図書をご存知なら是非紹介いただければと思い、厚かましくお願いしました。以上です。